视网膜眼底有许多散在的黄白色圆形病变，是许多脉络膜炎和视网膜色素皮炎疾病的共同特征。而点状内脉络膜病变不引起前房和玻璃体的炎症反应，可以与其他类型相区别。但仅此还不够，因为其他类型的脉络膜视网膜色素上皮炎性疾病并不一定所有患者都有玻璃体和前房炎症。因此，需要掌握不同类型炎症的临床特征，眼底荧光血管造影和吲哚青绿血管造影进行鉴别诊断。

在鉴别诊断中，应特别注意多灶性脉络膜炎与全葡萄膜炎、视网膜下纤维化和葡萄膜炎综合征的区别。三种疾病在临床上有一定程度的重叠，如年轻女性、近视、双眼受累。眼底病变是视网膜下的点状或片状病变，均可引起视网膜下新生血管。但视网膜下纤维化和葡萄膜炎综合征必须在视网膜下点状或片状病变的基础上进展为片状或带状纤维化组织，常伴有明显的玻璃体炎症。而多灶性脉络膜炎和全葡萄膜炎有典型的前葡萄膜炎和玻璃体炎症，也会引起视网膜下纤维化，但这种纤维化不如视网膜下纤维化和葡萄膜炎综合征显著。这些特征有助于区分它们。

本病应与其他可引起眼底白斑的疾病相鉴别(如后极部急性多灶性鳞状色素上皮病变、多发性易消散白斑综合征、鸟弹样视网膜病变、肉瘤样葡萄膜炎、弓形体病、莱姆病引起的葡萄膜炎、Vogt-小柳原田病等)。