双侧卵巢囊肿的治疗取决于患者的年龄、囊肿的体积、大小和生长率。

1.月经后3~7天查彩超，确定是卵巢肿瘤样病变还是真的卵巢肿瘤。如果囊肿直径小于等于5 cm，可以观察或口服避孕药2~3个月。如果自行消失，则认为是生理性囊肿。如果持续存在或者继续生长，就是卵巢肿瘤，需要手术。

2.如果囊肿活动，呈囊状，表面光滑，无腹水，生长缓慢，在考虑卵巢良性肿瘤时:年轻患者，尤其是绝经前患者，常采取卵巢囊肿切除术，同时尽可能保留正常卵巢组织；对于年龄较大(45岁以上)或绝经后的患者，单侧或双侧输卵管卵巢切除术是可行的。

3.囊肿双侧，活性差，生长快，均匀囊实，表面不平整，腹水。当认为是恶性时，尽一切可能切除原发囊肿和可见的盆腔和腹部转移瘤。可以考虑在腹腔内放置导管，以便术后向腹腔内注射化疗药物。