核磁共振当然不能代替结肠镜检查。肠镜检查是将内窥镜伸入肠内。

从里面看周围肠管壁的黏膜。磁共振成像是在体外通过无线电波形成的，所以虽然两者都能看到肠黏膜，但是看的方法不一样。一种是用无线电波看，一种是用光和可见光看。

肠镜是将镜子伸入肠腔。必要时可进行活检和穿刺。可以做活检。但是核磁共振不能做活检。当然，好处是磁共振成像不仅能看到肠腔内壁，也就是肠黏膜，还能看到肠壁的其他各层和肠道外的东西。

而内窥镜只能看到黏膜，看不到黏膜下面的东西，包括肠外的东西，所以两者各有利弊。