目前认为肝癌的病因，即肝癌的成因，与病毒性肝炎、肝硬化、黄曲霉毒素等化学致癌物的作用密切相关。

人们已经认识到，病毒性肝炎，尤其是乙型肝炎和丙型肝炎病毒，与肝癌密切相关。乙肝病毒和丙肝病毒的持续感染导致慢性肝炎，进而演变为肝硬化。有些患者在此基础上很容易发展成肝癌，出现肝炎-肝硬化-肝癌三部曲。

黄曲霉毒素污染的食物是诱发肝癌的另一个重要因素。大量调查研究发现，黄曲霉污染分布图与肝癌高发区地理分布图几乎一致，证明了这一点。

容易发霉的食物有花生、玉米、大豆、菜籽油等。，以及一些化学物质如亚硝胺、氮芥、有机氯农药等。也是肝癌的致癌物。饮用被它们污染的水和饮料也可能诱发肝癌。

长期饮酒也与肝癌有关。

另外，肝癌有家族聚集现象，说明遗传因素也与肝癌有关。