沙眼衣原体引起的新生儿肺炎主要见于新生儿和2-12周的婴儿，大多无发热，初期症状通常为鼻炎、鼻涕分泌、鼻塞。然后发展成间歇性咳嗽，气短，肺部可闻？音，可能伴有心肌炎和胸腔积液。半数儿童可能伴有急性包涵体结膜炎。成年免疫抑制患者可见咽炎、支气管炎、肺炎等呼吸道感染，包括干咳、发热、肌痛、寒战、咯血、胸痛。x线显示间质浸润、支气管肺炎或网状、结节状阴影。

沙眼衣原体肺部感染的临床症状和X线表现无特异性，诊断依赖实验室诊断。

1.最可靠的方法是培养沙眼衣原体。样品如鼻咽或咽后壁的拭子、气管和支气管抽吸物、肺泡灌洗液等。可以培养。新生儿沙眼衣原体肺炎可同时培养和(或)涂片直接荧光法(DFA)检测沙眼衣原体。该分离物可以通过沙眼衣原体种特异性单克隆抗体进行鉴定。

2.聚合酶链式反应测试有助于诊断，但应注意质量控制，防止假阳性结果。

3.微量免疫荧光试验(MIF)是沙眼衣原体的国际标准和最常用的血清学诊断方法，尤其适用于新生儿和婴儿沙眼衣原体肺炎的诊断，因为它可以检测到儿童血清中存在高水平的非母体IgM抗体(不穿过胎盘屏障)。血清学标准为:MIF试验IgG≥1∶512和/或IgM≥1∶32，排除类风湿因子(RF)引起的假阳性后，可诊断为近期感染，双份血清抗体滴度升高4倍以上。