肛门异位主要是指肛门不在正常位置，所以其临床表现会出现:

1.肛门解剖位置和结构异常。

2.排便困难:排便困难最常见的症状是慢性便秘。大多数孩子的肛门被上皮组织覆盖，被肛门外括约肌包围，排便功能正常。但也有部分患者因为肛门开口小，排便困难。

3.大便失禁:少数患者因肛管不通过外括约肌中心而出现排便功能障碍。

4、阴囊感染:异位缩短了肛口与阴囊的距离，因此容易造成排泄物中的致病菌与阴囊接触，增加了感染的机会。