1.常见并发症引起的低位肠梗阻患儿常出现脱水性酸中毒，严重者并发休克死亡；继发性结肠巨人症，营养障碍；常见的外阴炎和尿路感染。

2.伴随畸形的发生率为40% ~ 50%。泄殖腔的分化和发育发生在胚胎发育的最早期。在胚胎发育的关键时期，任何非特异性因素也可以同时影响其他器官的发育。因此，先天性肛门直肠畸形常伴有其他器官畸形。一般来说，高畸形的伴随率比低畸形高1倍以上，且畸形严重，增加了治疗难度。在合并畸形中，泌尿系畸形居首位，如肾发育不良、单侧或双侧肾积水、输尿管积水等。其他器官畸形如食管闭锁可达6% ~ 7%，先天性巨结肠占2% ~ 3%。半椎体和椎体融合是最常见的骨畸形。心血管畸形，如室间隔和心房缺损，约占7%。据多伦多儿童医院统计，与先天性肛门直肠畸形相关的畸形中，除泌尿系统畸形外，51%为骨骼畸形、心脏、神经和消化道畸形。国内学者报道，高、中度先天性肛门直肠畸形患儿的耻骨直肠肌和肛周组织内神经末梢发育不良，密度降低，耻骨直肠肌内有一定数量的肌梭。此外，先天性肛门直肠畸形的骶髓形态和内侧前角运动神经元数量存在异常改变。

3.术后并发症这种疾病常见的术后并发症如下:

(1)直肠黏膜外翻:多发生在术后3个月内。随着疤痕的软化，轻度者可恢复肛门括约肌功能障碍，严重者需手术切除。

(2)肛门狭窄:为防止狭窄，术后应坚持扩肛1 ~ 1.5年，严重狭窄可考虑再次手术。

(3)大小便失禁:术后常见高位肛门直肠畸形，难以恢复。术后应进行早期排便训练。

(4)便秘:早期可由手术创伤疼痛引起，晚期可由肛门狭窄或直肠回缩引起管状狭窄。少数儿童合并直肠乙状结肠无神经节细胞症。对于上述情况，如果扩肛、洗肠等保守治疗无效，应根据具体情况进行不同的手术治疗。