如果新生儿患有先天性巨结肠，也可以治疗。新生儿先天性巨结肠的主要治疗方法是手术治疗。

如果先天性巨结肠有肠梗阻，早期症状要及时手术治疗。如果不明显，可先给予保守治疗，但以对症治疗为主，防止肠梗阻或电解质紊乱。

新生儿先天性巨结肠症急性发作时，也可采用肠造口术等手术。待病情稳定后，可再次手术进行肠吻合。

术后还应注意加强对先天性巨结肠的护理，尤其是预防电解质紊乱和严重的术后并发症。