细菌学检测应根据不同的感染部位，尽快获取标本，进行细菌学鉴定。传统的方法是基于糖的降解反应和硝酸盐还原试验。这种方法需要大量的细菌，耗时长，容易出现假阳性。近年来，快速、准确、简便的方法不断推出，如改良的糖降解试验；发色底物快速酶试验；丁酸油水解试验；丁酸酶试验。其中Bacto-TB水解试验具有特异性、实用性、简便性和低成本的优点，可快速鉴定MC。基于LPS的血清分型、β-内酰胺酶蛋白的等电聚焦和蛋白外膜电泳图谱都已被用于鉴定MC的表型。最近，基于核酸多态性的限制性酶分析、宏限制性酶和脉冲场凝胶电泳(PFGE)也为细菌学检测提供了强有力的武器。菌株特异性DNA探针也已用于临床。应用片段多态性分析(FLPA)和自动化核型分析系统对临床分离株进行鉴定，发现耐药MC是同一物种间的异质性基因，来源于某一克隆的成功繁殖。此外，PCR和16S rRNA基因测序可用于准确鉴定MC。多重)PCR技术同时检测三种或三种以上常见致病菌也已应用于临床。血常规检查白细胞和中性粒细胞明显增多，细胞核向左移动。但免疫反应低的人或老人、小孩等白细胞可能不高。影像学检查可用于肺部和鼻窦感染的辅助诊断。

肺部感染时，X线胸片显示异常病变。