尿路感染的原因很多，其中最主要的是细菌、真菌或衣原体、支原体。

最常见的细菌感染是革兰氏阴性菌，人群中最常见的革兰氏阴性菌是大肠杆菌。这种感染通常用喹诺酮类或头孢菌素类药物控制。

真菌感染主要见于免疫力低下或其他原因长期摄入一些高级抗生素。真菌感染应使用抗真菌药物治疗。对于真菌引起的尿路感染，疗程为2-3个月。

另一方面，衣原体和支原体感染也应引起重视。