潜伏期短，一般只有3 ~ 5天，最多7 ~ 15天。前期会有异常的味觉和嗅觉，这是病原体入侵的反应。常以剧烈头痛、高热、喷射性呕吐等症状开始，随后出现全身性或局限性癫痫发作，伴有明显的脑膜刺激症状，如颈部僵硬、切尔尼征和布鲁津斯基征阳性。大多数会在几天内变成谵妄、瘫痪和昏迷。因为这种病是一种爆发性、致死性的脑膜脑炎，患者要引起保护性的细胞和体液免疫反应几乎已经来不及了。因此，严重的脑水肿往往会导致呼吸循环衰竭，一周内死亡。据悉，在所有原发性阿米巴脑膜脑炎病例中，经医院抢救后存活者不到10人。

可以从以下几个方面进行诊断。

1.流行病学史多发生在夏季，发病前5 ~ 7天在死水湖或温水中游泳。

2.有上述中枢神经系统疾病的临床表现。

3.CT检查显示脑内有密度增高的弥漫性区域，灰质受累。大脑与大脑脚之间的脑池间隙闭塞，包围中脑和蛛网膜间隙的上半球亚显微结构消失。

4.腰椎穿刺显示颅内压明显升高[2.94 ~ 6.37 kPa (300 ~ 650 mm H2O)]，脑脊液红细胞平均数量为2.78×109个/L，多形核白细胞百分比升高，蛋白质升高，糖含量降低。脑脊液镜检或体外培养可以确认它是福氏新孢子虫的滋养体..