1.症状和体征可以分为两种。

(1)婴儿型:主要发生在1 ~ 6个月的婴儿，为间质性浆细胞肺炎，起病缓慢。主要症状是奶摄入量少、烦躁、咳嗽、呼吸急促、发绀，但无明显发热。听诊？声音不多，1 ~ 2周内呼吸困难逐渐加重。肺部体征少，与呼吸窘迫症状的严重程度不成比例，是本病的特点之一。病程为4 ~ 6周，如果不治疗，约25% ~ 50%的患儿会死亡。

(2)儿童型:主要发生于各种原因引起的免疫功能低下的人群，发病迅速。与婴儿型的区别在于，几乎所有患者都有发热。此外，常见的症状有呼吸加速、咳嗽、紫绀、三凹征、鼻扇、腹泻。病程发展很快，很多人没有治疗就死了。

2.x线检查可见双肺弥漫性颗粒状阴影，从肺门向周围延伸，似毛玻璃样，伴有支气管充气，后变为不规则斑块的致密条索。后期有持续性肺气肿，尤其是肺周部分。可伴有纵隔气肿和气胸。PCP的诊断依赖于病原体的检测。目前应用最广泛的方法是纤维支气管镜肺活检、经皮肺穿刺或开胸肺活检和支气管肺泡灌洗液检查，阳性率可达90%以上。通过气管抽吸物或肺活检切片染色，发现肺泡内泡沫状嗜酸性物质富含原虫。用乌洛托品硝酸银染色，发现暗褐色圆形或椭圆形包囊位于细胞外，直径6 ~ 8微米。囊虫病染色方法包括甲苯胺蓝、六亚甲基四胺银、Grdm-Wright、Grimss和免疫荧光抗体染色。还有的采用高渗盐水雾化吸入诱导痰液来提高病原体的检出率。近年来，有人利用酶联免疫吸附试验检测肺囊虫IgG抗体，乳胶颗粒凝集试验检查囊虫病抗原，或利用PCR等分子生物学技术进行快速早期诊断。