鼻咽癌容易发生在鼻咽部的顶部，也可能发生在咽隐窝或侧壁。这种疾病可以经常发生，也可以单独发生。鼻咽癌的肿瘤肉眼观察可发现结节状或菜花状。有些样本可能是溃疡型或浸润型。结节性鼻咽癌是最常见的疾病，菜花鼻咽癌有时也很常见。本病发病后，即使在发病初期，也可导致黏膜粗糙，鼻咽黏膜轻度隆起。

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如果鼻咽癌属于浸润型，这种情况下黏膜不会受到很大的损伤，甚至是完整的，但是癌会在黏膜下呈现浸润性生长，容易发生颈淋巴结转移。浸润性鼻咽癌在早期往往难以发现。

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鼻咽癌即使在病程早期也可能导致出血症状，主要是患者在吹或吸回时发现鼻血充血，出门时血色量少。如果是中晚期，内容确实比较多，可能会伴有流鼻血。

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鼻咽癌会导致听力下降、耳鸣或耳朵堵塞。部分鼻咽癌会发生在鼻咽侧壁或咽鼓管、侧窝开口处，此类鼻咽癌患者常可发生卡他性中耳炎。

约60%的鼻咽癌患者会感到头痛，而头痛往往是鼻咽癌的首发症状，有的患者甚至在鼻咽癌后以头痛为唯一症状。这种头痛往往是间歇性的，疼痛的位置不固定。