严重的甲舌囊肿可能会被发现为癌症，但要根据不同的类型来判断。一般早期疾病癌变的概率较低。但不同的感染因素和治疗方案是不一样的，需要对症治疗，制定出最合适的治疗方案，才能达到良好的治疗效果。所以，了解甲舌囊肿会不会癌变很重要，对后期疾病治疗有重要意义。

舌囊肿可癌变，多为乳头状癌。舌根至甲状腺的残留甲状舌管可形成囊肿、窦或瘘，也可发生癌变，多为乳头状癌。按后期位置可分为舌骨下、舌骨上、舌骨水平，不同部位癌变概率不同。

甲囊肿可以位于舌根的盲孔上，也可以位于盲孔前方的舌肌或舌骨上。囊肿直径从几毫米到几厘米不等，多为2 ~ 3厘米，表面光滑。内壁一般可见鳞状上皮、假复层纤毛柱状上皮或立方上皮，并可见少数移行上皮。此时建议患者定期检查，避免不良因素的影响，如癌变。即使癌变概率不高，也要多注意预防。

舌囊肿和感染，有些囊肿被肉芽组织取代，囊肿内容物很大程度上取决于覆盖的上皮类型。早期症状为粘液或胶状、水样、黄色糊状，特别是感染患者的囊肿内可能含有化脓性和坏死性物质。当囊肿穿透皮肤形成窦道或与舌根相通时，5% ~ 62%的甲舌囊肿可见正常甲状腺组织，且多为乳头状癌。

舌囊肿是胚胎期甲减引起的，随着年龄的增长会有一些变化，比如青春期。由于分泌物停留或被感染，囊肿可能分裂成瘘管，但不会癌变。此时手术切除囊肿对改善甲舌囊肿具有重要意义，合理治疗可防止病情癌变。