肛瘘多由肛周脓肿引起，即脓肿破裂或切开引流后形成的肛瘘。

具体疾病:克罗恩病、溃疡性结肠炎、结核性肠炎可引起肛瘘。

外伤引起的肛瘘，有时是外伤和口腔感染引起的肛瘘。

恶性肿瘤引起的长期瘘管是一种未经治疗的肛瘘，如肛癌。