龟头尿道有轻微疼痛，由以下因素引起:

1.龟头发炎。主要是龟头发炎后，大量致病菌会不断刺激龟头内外黏膜引起的疼痛。

2.尿道炎症。主要与卫生条件差，或者性生活不洁引起的感染，以及局部尿道伤口有关。

3.包皮过长。先天性包皮过长，无法将龟头包裹在里面，可能会造成大量包皮垢堆积。

检查后，如果是炎症感染引起的，一般可以选择盐酸多西环素或罗红霉素进行治疗。如果包皮过长，可以做包皮环切。