标本采集寻找致病菌，要根据实际情况从各个方面采集标本:如排泄物、呕吐物、粪便、吃剩的食物、器皿等。

临床上引起食物中毒的细菌很多，如沙门氏菌、空肠弯曲菌、葡萄球菌、副溶血弧菌、蜡样芽孢杆菌、致病性大肠杆菌、变形杆菌、肉毒梭菌、小肠结肠炎耶尔森菌等。

粪便培养对临床诊断有重要意义，但有时粪便培养中可能存在致病菌。

沙门氏菌是引起食物中毒的主要致病菌之一，也是食物中毒最常见的原因。一般从患者的粪便或呕吐物中分离出沙门氏菌。金黄色葡萄球菌引起的食物中毒主要通过检测食物或粪便中的肠毒素来诊断，因为被污染的食物加热后，葡萄球菌已被杀死。如果培养，会有阴性结果，但肠毒素不会被加热破坏。因此，可以通过动物试验或酶联免疫吸附试验来辅助肠毒素的检测。

副溶血性弧菌引起的食物中毒:主要是因误食被副溶血性弧菌污染的水产品和腌菜引起的。该菌引起的食物中毒主要通过细菌学检测来诊断，但粪便培养第二天多数病例转阴，仅少数病例在2 ~ 4天内可检出阳性。因此，对可疑病例应及时采集粪便，以免影响阳性检出率。

空肠弯曲杆菌引起的食物中毒，是由于食用了被弯曲杆菌污染的肉类或牛奶而引起的。该病的诊断主要依靠细菌学检测。

小肠结肠炎耶尔森菌引起的食物中毒:采集食物或粪便样本进行细菌培养。

肉毒梭菌引起的食物中毒:主要是肉毒梭菌产生的外毒素引起的。通常情况下，可疑食品应就地采集进行细菌学检查或动物试验。

婴儿肉毒梭菌中毒主要通过检测粪便内毒素来诊断，粪便培养结果多为阴性。