最可靠的方法是培养鹦鹉热衣原体，取鼻咽或咽后拭子、气管和支气管抽吸物、肺泡灌洗液等标本。分离株可以通过针对鹦鹉热衣原体的种特异性单克隆抗体来鉴定。

聚合酶链式反应测试有助于诊断，但应注意质量控制，防止假阳性结果。

微量免疫荧光试验(MIF)是鹦鹉热衣原体的国际标准和最常用的血清学诊断方法。但是，在鹦鹉热衣原体的诊断中应谨慎。除患者与病禽的接触史外，血清标本应同时检测沙眼衣原体、肺炎衣原体和鹦鹉热衣原体的抗体，比较抗体滴度，以确定是否为鹦鹉热衣原体，因为三种衣原体之间可能存在血清学交叉反应，鹦鹉热衣原体肺炎的临床症状相似。血清学标准为:MIF试验IgG≥1∶512和/或IgM≥1∶32，排除类风湿因子(RF)引起的假阳性后，可诊断为近期感染，双份血清抗体滴度升高4倍以上。

鹦鹉热影响心脏时，心电图改变为心肌炎。鹦鹉热肺的X线主要表现为不同程度的肺部浸润，如弥漫性支气管肺炎或间质性肺炎，但不具有特异性。肺部病变吸收慢。