潜伏期一般为1 ~ 2周，短则4天，长则1年以上。突然或隐性发病可有以下临床类型。

1.无症状型(原虫携带状态)阿米巴可在大多数无症状的粪便中发现。囊肿只在常规粪便检查中发现，整个感染期都有排出。它们作为同居者存在，不侵入组织。这些患者中约90%被分散内阿米巴感染。但也有少数感染溶组织内阿米巴，但症状不明显。多年来，他们保持亚临床状态，如腹部不适，胀气，便秘等。

2.普通起病一般较慢，有腹部不适，大便稀，有时腹泻，一天数次，有时便秘。腹泻时大便略呈脓性，为痢疾样。若病情发展，腹泻样大便可增至10 ~ 15次/d或以上，并伴有急性腹泻，继而出现剧烈腹痛、腹胀。回肠、横结肠和直肠有压痛。一般症状较轻，常低烧或不发烧。上述症状通常持续数日至数周，可自行缓解。如果不治疗，很容易复发。大便检查可有少量或大量的滋养体，大便有腐臭味。

3.爆发型这种类型很少见，多发生在身体虚弱和营养不良的人群中。发病突然，中毒症状明显，病情严重，高热，极度衰竭。大便迅速增至15次/d以上，含明显脓血及大量滋养体，甚至肛门失禁，呈水样或血性，有异味，呕吐，腹痛剧烈，急性腹泻，腹部压痛明显。患者有不同程度的脱水和电解质紊乱，有时休克，易发生肠出血和肠穿孔。如不积极抢救，可在1 ~ 2周内死于毒血症或并发症。

4.慢性型往往是普通型未经彻底治疗的延续，病程可长达数月甚至数年不愈。反复腹泻，或与便秘交替。一般一天腹泻不超过3 ~ 5次。大便呈黄色糊状，有少量粘液和血。腐臭，常伴肚脐或小腹周围疼痛。症状可以持续，也可以间歇。间歇期长短不一，从几周到几个月不等。间歇期可能没有症状，疲劳、饮食不当、暴饮暴食、情绪变化往往是复发的诱因。长期患者常伴有贫血、乏力、消瘦、肝肿大和神经衰弱。容易并发阑尾炎和肝脓肿。大便检查可发现滋养体或囊肿。

典型阿米巴痢疾的诊断并不困难，诊断取决于粪便中发现的病原体。不典型病例往往需要结肠镜检查、血清学检查和诊断治疗。

1.临床症状一般起病较慢，中毒症状较轻，痢疾样腹泻较少见，有果酱样大便，易复发。由于其症状轻重不一，缺乏特征性，对于有慢性腹泻或不明肠道疾病者，应考虑本病的可能。

2.实验室检查大便检查是诊断的重要依据。非致病性阿米巴应在找到病原体后进行鉴定。目前血清学检查发展迅速，是诊断阿米巴病的关键实验。约90%的患者血清可通过ELISA、间接血凝和间接免疫荧光进行检测。PCR诊断是一种非常有效、敏感和特异的方法。世卫组织专委会建议，显微镜下发现的含有四核的包囊应鉴定为溶组织内阿米巴或分散内阿米巴；粪便中检出含有红细胞的滋养体应高度怀疑为溶组织内阿米巴；如果血清学检测为高滴度阳性，应高度怀疑溶组织内阿米巴感染。阿米巴病仅由溶组织内阿米巴引起。

3.结肠镜检查。结肠镜或纤维结肠镜可用于临床高度怀疑但镜检、血清学检查和PCR检查无阳性结果的病例。约2/3有症状的病例，直肠和乙状结肠粘膜可见大小不一的散在溃疡。表面布满黄色脓液，边缘稍突出，充血。溃疡之间的粘膜是正常的。从溃疡表面刮取材料进行显微镜检查，显示滋养体有许多机会。

4.x线钡灌肠检查显示病变部位充盈缺损、痉挛、充血。虽然这一发现并不特异，但有助于区分阿米巴原虫和肠癌。

5.如果临床诊断存在高度怀疑，各种检查无法确诊，可以使用抗阿米巴药物进行治疗。如果效果确切，诊断也可以成立。