1.组织病理学检查显示病变脑组织中海绵状空泡、淀粉样斑块、神经细胞缺失伴胶质细胞增生、少量白细胞浸润和其他炎症反应。

2.免疫学检查多种免疫学方法，如免疫组织化学、蛋白质印迹法、酶联免疫吸附试验(ELISA)等。已经用于检测组织中的PrPsc。使用抗PRP 27 ~ 30抗体，经异硫氰酸胍、高压灭菌或蛋白酶K消化溶解PrPc后，可在病理组织中检测到PrPsc。单克隆抗体15B3只能与PrPsc结合，所以不需要溶解PrPc的处理就可以识别PrPc和PrPsc。包括脑、脊髓、扁桃体、脾、淋巴结、视网膜、结膜和胸腺。通过免疫印迹可以在脑脊液中检测到特征性的脑蛋白14-3-3。这种蛋白质是一种神经元蛋白质，可以保持其他蛋白质的构型稳定。在正常脑组织中含量丰富，但不出现在脑脊液中。朊病毒感染时，大量脑组织被破坏，使脑蛋白14-3-3渗漏到脑脊液中。

1.动物接种试验:将可疑组织匀浆接种于脑中或口服给动物(常用大鼠、绵羊等。)，并观察接种动物的发病率。发病后取脑组织活检，看是否有朊病毒病的特征性病理改变。这种方法的灵敏度受到种间屏障的限制，而且耗时较长。

2.体检脑电图检查可有特征性的周期性锐波复合体(PSWC)，有辅助诊断价值。此外，计算机断层扫描(CT)和磁共振成像(MRI)可用于区分朊病毒疾病和其他中枢神经系统疾病。

3.采用分子生物学方法提取患者外周血白细胞DNA，PCR扩增PRNP并测序。可以发现家族性朊病毒疾病中PRNP的特征性突变。