半夜肛门瘙痒的原因如下:

1.有肠道寄生虫。半夜下蛋的过程中，肠道内的寄生虫会爬到肛门口的位置，半夜会出现肛门瘙痒的症状。

2.是因为肛门局部潮湿，或者休息时穿了太厚的内衣，导致局部透气性不好。

3.肛门内毛发多，汗腺分布密集，也会导致肛门内潮湿，进而出现瘙痒症状。

建议患者先去正规医疗机构肛肠科做个检查。明确诊断后，药物保守治疗是改善瘙痒症状的主要方法，可适当口服抗过敏药物。