跑步后屁股两边疼的原因有很多:

第一，可能是跑步时强度过高，臀部肌肉收缩加强，导致大量废物堆积，引起疼痛症状。可采用休息、热水浴、热敷、按摩、理疗等物理疗法缓解疼痛症状。

第二，可能是你很久没跑步了，跑步时间太长，导致臀部肌肉劳损，可能会出现血肿的症状。尽早去医院做相关检查，了解血肿的大小和范围，给予活血化瘀的药物，促进血肿的吸收，疼痛症状就会缓解。

第三，可能是跑步诱发腰椎间盘突出，神经压迫导致臀部两侧疼痛。