半夜肛门疼痛被认为是由以下因素引起的:

首先考虑是痔疮发作引起的。如果痔疮变大，半夜从肛门出来，是无法收回肛门的。睡觉时会压迫肛门周围的局部组织，导致血流受阻，疼痛。

其次，也可能是肛裂引起的。肛管局部皮肤裂隙不愈合，伴有细菌感染。炎症因子在半夜刺激肛门括约肌，引起肌肉强烈收缩，肛门疼痛。

另外，也可能是肛周脓肿引起的。炎症因子在半夜刺激肛门，在睡觉时压迫脓疱，引起肛门剧烈疼痛。