扁平疣有时候可以通过口服药物来治疗，但是这种治疗的效果并不理想，因为通过口服药物，在吸收过程中会丧失药物强度，不利于直接杀灭病毒，而且口服药物需要长期坚持，一般人很难做到。目前可选择激素转移因子治疗扁平疣。这种药通过注射给药，可以直接提高人体免疫力，间接杀死引起扁平疣的病毒。这种治疗方法适用于一些年龄较大的扁平疣患者。

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目前治疗扁平疣多采用外用药物。比如可以用维a酸霜或者丁胺软膏。这些药物虽然对治疗扁平疣有效，但往往含有激素，长期使用对人的伤害很大。

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PTX素疣是一种纯中药制剂。这种药是外用的，服药时需要专用的施药器。如果是一些比较小的扁平疣，用PTX素疣治疗一个疗程就可以痊愈。其实一个疗程也就3天左右。

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除了治疗扁平疣的药物外，激光也可以作为这种疾病的治疗手段。扁平疣通过激光手术根除。这种治疗虽然很迅速，但并不能完全治愈扁平疣，治疗几个月后还会复发。

扁平疣的疾病具有自我传播的特点，也就是说扁平疣发生在一个部位。如果经常挠，身体其他部位也可患此病，应尽量避免挠患处。