29岁先天性巨结肠手术后遗症主要有以下几点:

1.可能会导致内出血。出血部位为肠系膜和骶前血管，也可能导致直肠腱鞘出血。

2.先天性巨结肠也会对肠道造成一定的损伤。因此，手术后肠道可能因受伤而扭曲，或肠道蠕动缓慢。

3.先天性巨结肠手术需要拉出肠道，切除带有结肠的部分，然后缝合。因此，如果术后伤口没有完全吻合或感染，就会导致肠瘘、狭窄等症状。