脑脓肿应与其他颅内感染和其他颅内占位性病变相鉴别。

1.化脓性脑膜炎发病迅速多，急性感染的全身症状和脑膜刺激症状较重，神经系统病灶体征不明显，脑脊液可呈脓性，白细胞增多明显，可发现脓性细胞。几乎与主脑脓肿脑炎难以区分，部分患者早期几乎无法区分。脑部CT扫描有助于区分。

2.硬膜下脓肿和硬膜外脓肿可与脑脓肿并存，病程与脑脓肿相似。硬膜外脓肿x线平片可发现颅骨骨髓炎，CT扫描或MRI扫描可明确诊断。

3.耳源性脑积水是由慢性中耳炎和乳突炎引起的横窦栓塞引起的。其临床表现为头痛、呕吐等颅内压增高的体征。但通常病程较长，全身症状较轻，无明显的神经系统局灶体征。CT扫描或MRI扫描仅显示一些脑室扩大。

4.颅内静脉窦栓塞多见于慢性中耳炎、乳突炎引起的静脉窦炎症栓塞。可出现全身感染症状和颅内高压，但无神经系统的局灶性体征。腰椎穿刺测压时，单侧压颈试验时患侧无反应，有助于诊断，但颅内压高时应慎重。可以通过CT扫描和MRI扫描来区分。

5.化脓性迷路炎的临床表现类似小脑脓肿，如眩晕、呕吐、眼球震颤、共济失调和强迫头位。但与小脑脓肿不同，头痛是轻微的或不存在的。颅内压增高和脑膜刺激征不明显。CT扫描和MRI扫描都是阴性。

6.不典型结核性脑膜炎结核性脑膜炎可与脑脓肿相鉴别，病程长，临床症状轻，无明显结核病史、病灶及体质。脑脊液检查与脑脓肿相似，但淋巴细胞和蛋白质明显增多，糖和氯化物可明显减少。抗结核治疗有效。CT和MRI扫描有助于鉴别诊断。

7.脑肿瘤一些隐源性脑脓肿或慢性脑脓肿，因其临床症状为全身感染和脑膜刺激征，很难与脑肿瘤相鉴别。甚至CT扫描显示的“环征”也不是脑脓肿独有的。也见于脑转移瘤、胶质母细胞瘤，偶尔见于慢性扩张性脑内血肿等。，要手术才能确诊。所以要仔细分析病史，结合各种实验室检查，再通过各种对比和影像学。