肛周脓肿引流后，通常会形成肛瘘。

如果肛周脓肿没有根治性手术，只做切开排脓，通常是暂时性的缓解局部疼痛。如果内口感染没有完成，就会形成肛瘘。

肛周脓肿和肛瘘本身属于同一疾病的两个发展过程。脓液形成后，进行人工切开排脓，或自行溃烂形成肛瘘，肛管、直肠位置出现溃烂，反复流脓、流水。

肛周脓肿诊断明确后，主要采用根治性手术，尽量减少术后复发的机会。