潜伏期与毒素量有关，短则几小时，长则十几天。潜伏期越短，病情越严重。但是，处于潜伏期的老年人也可以是重度或轻度，然后发展为重度。临床表现轻重不一，轻则不适不治疗，重者可在24小时内死亡。该病起病急，早期以中枢神经系统症状、恶心呕吐为主。一般B型和E型比A型多见，其次是头晕、头痛、全身乏力、视物模糊、复视。当胆碱能神经的传递受损时，可见便秘、尿潴留和唾液、泪液分泌减少。体检显示:精神紧张，上睑下垂，眼外肌无力，眼球调节功能下降或消失。有些病人瞳孔大小不等，光反应慢。严重者腭、舌、咽、呼吸肌呈对称性弛缓性麻痹，导致咀嚼、吞咽、语言、呼吸困难等脑神经损害。肌肉弛缓性麻痹的特点是深部腱反射减弱和消失。但无病理反射，肢体瘫痪少见，感觉正常，意识清醒。没有二次感染体温正常。肉毒中毒症状一旦出现，病情进展迅速，变化明显。严重的病例可能包括呼吸衰竭、心力衰竭或继发性肺部感染。如果抢救不及时，患者可能在2 ~ 3天内死亡。稳定期后逐渐进入恢复期，大多在6-10天内恢复，老年人达到1个月以上。一般先缓解呼吸、吞咽、语言困难，然后瘫痪肢体肌肉逐渐恢复，视力恢复较慢，有时需要数月。婴儿肉毒中毒:年龄为4 ~ 26周，多为混合喂养，也有仅母乳喂养的。初期症状为便秘、缺乳、全身无力、哭闹声低、颈部无力、无法抬头，随后出现脑瘫。这种疾病发展迅速，可能因呼吸麻痹而死亡。也有轻度病例，只有腹胀，或不易察觉的便秘和乏力。所以要警惕漏诊或误诊。创伤性肉毒中毒:从伤口感染到出现中毒症状的潜伏期约为10 ~ 14天，症状与食物中毒相同，但无恶心、呕吐等胃肠道症状。可能有发热和毒血症。

根据特殊饮食史和同餐发病情况，结合咽干、便秘、视物模糊、中枢神经系统损害等临床症状和体征，一般不难作出诊断。细菌的检测只能作为辅助依据，其目的是通过培养和检测毒素得到诊断。婴儿肉毒中毒的诊断主要是根据检测儿童粪便中的肉毒梭菌或肉毒梭菌毒素，由于血液中的毒素可能已经结合，所以很难检测出来。创伤性肉毒中毒主要检测伤口中的肉毒梭菌或血清中的毒素。