肛门有肉芽，认为是由以下疾病引起的:

1.肛门尖锐湿疣是一种由人乳头瘤病毒感染引起的性传播疾病，通过性接触传播，主要表现为肛门口处菜花状、肉芽状的肉疙瘩。

2、肛门乳头肥大，由于炎症的反复刺激，会引起局部肉芽样隆起。

3、混合痔，主要是由于痔区静脉回流不畅，淤血形成的血管，在肛口会形成肉芽状突起。

所以肛门口有肉芽，需要去肛肠科确诊。