肾结石碎石后疼痛是由以下因素引起的:

1.正常排石反应。因为在排出结石的过程中，会不断地移动、摩擦或挤压，会刮伤内膜组织，引起疼痛。

2.大石块被挡住了。碎石之后，可能会有较大的结石排不出来卡在那里而引起的疼痛。

3.炎症感染。碎石后可能会有局部感染。感染后，黏膜会受损，结石会碰到受损部位，引起疼痛。

可以用热敷止痛，也可以吃药。可以选择止痛药或者消炎痛。