阿糖胞苷临床常见的副作用有两种，一是发热，二是骨髓抑制。

部分使用阿糖胞苷的患者可出现阿糖胞苷热，一般可达38.5度左右，部分患者甚至可达39至40度。

一般退热效果好。使用退烧药后，体温可以下降。停用阿糖胞苷后，没有发烧。

阿糖胞苷引起的骨髓移植常发生在应用大剂量阿糖胞苷后，骨髓抑制后全血细胞减少。

严重的白细胞减少可导致继发感染、严重贫血、血小板减少，患者可出现乏力、出血等。，需要主动输注红细胞和血小板来支持治疗。