肛瘘主要采用麻醉下手术治疗，具体手术方式视肛瘘类型而定。

1.如果是低位单纯性肛瘘，可以直接切除原发感染的内口，切除肛瘘的管道部分和外口，通过肛门括约肌之间的肛瘘。也可以用缝合手术。

2.如果是高位复杂的肛瘘，就要用挂线的手术方法，主要是借助弹力线慢慢切开。主要目的是保持手术伤口引流通畅，最大程度保护肛门括约肌功能。

肛瘘无论采用何种手术治疗，术后都要按时换药，保持肛门部清洁，促进伤口愈合。