脑先天畸形主要是由于外界致病因素，导致胚胎神经系统发育出现缺陷或畸形。一般认为，胎儿在早期，尤其是3个月内受到致畸因素的损害，从而导致患病。常见的致畸因素主要包括:

1.感染:细菌、病毒或原虫通过胎盘对胎儿产生先天性感染。常见的疾病有风疹、唾液腺包涵体病、弓形虫病等，不仅会引起胎儿脑膜炎和脑钙化，还会引起先天性心脏病、脑发育异常和脑积水。

2.药物:引起胎儿畸形的药物主要有雄性激素、肾上腺皮质激素、抗甲状腺药物等。

3.辐射:母亲怀孕4个月内，X射线或γ射线辐射可导致畸形，小头畸形最常见。

4.其他因素:如孕期严重营养不良、糖尿病等。都会导致。