1.有明显精神症状的人，要与精神分裂症等功能性精神疾病相鉴别。鉴别要点主要是有无躯体症状体征、意识障碍程度等。

2.后遗症的症状主要是成人的性格改变，儿童的智力改变和行为改变更为常见。在所有精神症状出现之前，有明确的传染病史。

3.与其他脑器质性疾病相鉴别。

(1)意识障碍的识别:流行病学特征、临床表现和实验室检查可区分不同脑器质性疾病的意识障碍。

(2)与甲型脑炎鉴别:临床上也应与甲型脑炎鉴别。脑炎型帕金森综合征较为常见，病情较重，可短暂恶化。乙脑中帕金森综合征较轻，震颤、自主神经症状、瞳孔紊乱等症状较少，且改善趋势明显。另外，性格变化，日本脑炎和流行性乙型脑炎是不一样的。日本脑炎一般是非进行性的，轻微的。上述差异主要是由于甲型脑炎的黑质病变较乙型脑炎更为严重和进行性，此外，在乙型脑炎后遗症中，重度精神发育迟滞更为常见，张口反射、强握力反射等原始动作也较为常见。麻痹和舞蹈症多见于乙脑，但甲型脑炎后精神发育迟滞较轻，多为中度或轻度。