痛风性关节炎:该病部分患者下肢关节炎发病时间较长，有时发病期间血尿酸不升。此时往往需要与强直性脊柱炎引起的周围性关节炎相鉴别。此时，应仔细区分两种疾病的临床特征。

非特异性腰痛:这种腰痛在临床上最常见。这类疾病包括:腰肌劳损、腰肌痉挛、脊柱骨关节炎、寒冷刺激性腰痛等。这种腰痛疾病不具有强直性脊柱炎的炎症性腰痛特征。通过骶髂关节X线或CT检查、血沉、C反应蛋白等相关检查，很容易鉴别。

腰椎间盘突出:腰椎间盘突出是炎症性腰痛的常见原因之一。该病仅限于脊柱，无乏力、消瘦、发热等全身表现。包括血沉在内的所有实验室检查都正常。强直性脊柱炎和强直性脊柱炎的主要区别可以通过CT、MRI或脊髓造影来诊断。

致密性髂骨炎:多见于年轻女性，主要表现为慢性腰骶部疼痛和僵硬。临床检查除腰部肌张力外，无异常。诊断主要依靠骶髂关节X线平片或CT，非甾体抗炎药的作用不如强直性脊柱炎明显。有些早期女性强直性脊柱炎患者很难与此病相鉴别。骶髂关节MRI检查可能有一定帮助，但仍需临床综合判断。对于难以分辨的患者，建议随访观察。