急性化脓性甲状腺炎的并发症很少见，主要由甲状腺功能障碍、脓肿压迫或感染的局部或全身扩散引起。

1.临床上可能出现由于腺体破坏引起的甲状腺功能障碍、暂时性甲状腺功能减退和粘液性水肿。

2.脓肿压迫症状甲状腺脓肿压迫神经和气管，可引起声带麻痹、气管梗阻和局部交感神经功能障碍。

3.感染在当地传播。甲状腺脓肿破裂、穿透并扩散至周围组织器官(如前纵隔、气管、食管)，可导致颈内静脉血栓形成、气管穿孔。

4.全身传播感染通过血液途径传播到全身。患者可能有肺炎、纵隔炎、心包炎、败血症等。延误治疗往往会导致死亡。