肠套叠的临床表现因病情而异，症状体征多样化。诊断应与下列疾病相鉴别。

1.细菌性痢疾发病急，伴有呕吐和腹痛。同时大便可带血，与肠套叠混淆。而细菌性痢疾大便频繁，含有大量粘液和脓血，早期体温可达39℃以上。腹痛没有肠套叠严重，腹部也没有肿块。大便镜检可见大量白细胞和吞噬细胞。肠套叠大便镜检主要是红细胞。应注意继发于细菌性痢疾的偶发性肠套叠。

2.阑尾炎2岁以下的婴儿患急性阑尾炎很少见，阑尾炎一般没有血便。其腹部肿块发生在肠套叠之后，多数形成包裹性阑尾炎或阑尾周围脓肿，不及时手术。

3.蛔虫性肠梗阻患儿有驱虫史，表现为腹痛、腹胀、呕吐，有时可吐出蛔虫。大多能摸到肚脐或右下腹周围的条索状或香肠状肿块，指压感觉不均匀或肉干。x线检查显示平片上肿块内可见多个蛔虫影。钡灌肠常显示在扩张的肠袢内有典型的条索状或簇状小圆形蛔虫充盈缺损。

4.腹型紫癜表现为腹痛、呕吐、便血等症状。多见于5岁以上儿童。大便暗红色或血红色，腹部有压痛，但无肿块。可能并发皮疹、关节痛或血尿。值得注意的是，腹型紫癜可因肠道功能障碍合并肠套叠，必要时可做X线检查鉴别。

5.出血坏死性肠炎临床表现为便血、腹痛、呕吐。大便像洗肉水样，伴有特殊的腥臭味。早期有高烧和全身中毒症状。

6急性坏死性肠炎

可表现为腹痛、呕吐、便血，但该病有腹泻史。早期可表现为腹胀、高热和频繁呕吐、大便频繁、大量洗肉水、有特殊的腥臭味、全身迅速恶化，常出现严重脱水、皮肤起花纹等休克症状。

过敏性紫癜

多见于大龄儿童，多数有新鲜出血性皮疹、关节痛，有时有血尿。血多为暗红色，腹部摸不到肿块。这些症状有助于与肠套叠鉴别。有时本病可合并肠套叠，应引起注意，必要时应做X线检查。

8.其他肠道出血性疾病，如绞窄性腹内疝、肠扭转、结肠息肉等，有时可误诊为肠套叠，通过体格检查和必要的辅助检查可仔细鉴别。