1.风湿热可有发热、心脏瓣膜损害等症状，有时很难与本病相鉴别。任何器质性心脏病患者出现原因不明的发热超过一周，就要考虑这种疾病的可能。风湿热贫血较轻，P-R间期延长较常见，抗风湿治疗有效；然而，在心内膜炎中可见皮肤淤滞、杵状指、脾肿大、血尿、栓塞、进行性贫血、血培养阳性和超声心动图瓣膜赘生物。有时感染性心内膜炎可以与风湿热并存。如果用敏感抗生素充分治疗后仍不退热，应怀疑有风湿活动，必要时应尝试抗风湿治疗。

2.左心房粘液瘤可能有发热、栓塞和心脏杂音。但是血培养是阴性的，也没有脾肿大。超声心动图可以显示肿瘤及其运动图像。

3.脑血管意外

4.此外，感染性心内膜炎应与以下疾病相鉴别:

(1)风湿热、系统性红斑狼疮等发热性疾病的鉴别。

(2)与心脏病合并其他感染鉴别。如风湿性心脏病、先天性心脏病伴肺部、胃肠道或泌尿生殖道感染伴发热的患者。

(3)有轻度心脏体征的发热应与伤寒、疟疾、肺结核相鉴别。

(4)与其他原因引起的栓塞相鉴别:如脑栓塞，应与脑血栓、中风相鉴别；肾栓塞应与肾结石和急性肾小球肾炎相鉴别。肢体动脉栓塞应与血管炎相鉴别；肠系膜动脉栓塞应与急腹症相鉴别；冠状动脉栓塞应与冠状动脉粥样硬化或冠状动脉炎引起的心绞痛和心肌梗死相区别。