皮肤真菌病传统上按解剖部位命名，如体癣、股癣、手足癣等。这种分类有利于根据不同解剖部位的皮肤特点使用不同的药物。有些皮肤癣菌也是以致病菌命名的，如黄癣菌、癣菌、红色毛癣菌等。

皮肤癣菌侵入头发，引起头癣。是环状脱发斑，有鳞屑、水疱或脓疱。有时分散的脱发斑点可能是唯一的症状。偶尔出现的有较大凸起的化脓性病变称为脓疱。感染后头发发黄或断裂。根据毛发感染的部位，可分为发内感染和发外感染。内源性感染在病毛中形成孢子，孢子可充满毛发或形成链状排列，也称为黑癣。如果是脓疱，毛发内会形成菌丝。绵状小孢子菌等。在毛发外形成大量孢子，呈马赛克状或链状排列，称为外感染，又称白癣。外源感染有时可在毛发中发现菌丝，特别是在根部。

皮肤癣菌侵入角质层，引起体股癣、手足癣等。在皮屑中，菌丝分支分离，可断裂成链状孢子。病灶一般呈圆形或多环形，单个散在或相互融合。组织反应可以从红斑和鳞屑到结痂、化脓甚至肉芽肿。无不同程度的主观感觉或瘙痒。

真菌Scytalidiumdimidiatum及其变种S.hylinum可导致人类掌跖和甲板感染。其临床表现和直接镜检无法与手足癣、甲癣相鉴别。因此，在取标本进行培养时，不应在其中一个试管中加入放线菌，以免抑制顶孢菌的生长。皮肤真菌涉及甲板被称为甲癣。通常情况下，甲板增厚，变色和损坏。花被组织一般没有炎症或疼痛。

在极少数情况下，皮肤癣菌可导致深部组织感染。其特征为蜂窝织炎、毛囊炎、脓疱病、皮下脓肿、淋巴结脓肿、Majocchii肉芽肿、足部真菌肿胀、疣状增生等。杨国梁报道2例由铁锈色小孢子菌引起的深部感染。病人的头发稀疏。见皮肤广泛鳞状病变和肉芽肿病变。后者以结节性为主，分布广泛。有些穿孔溃烂。

根据临床表现、组织病理学特征可以做出正确的诊断。皮肤癣菌的鉴定是基于菌落形态、显微特征，尤其是大球菌的大小、形状、分裂、细胞壁特征和建群模式。有时需要配合营养试验、毛发穿孔试验、午灯试验、交配试验等其他试验。组织病理学检查有助于确诊。