念珠菌可以通过从患病部位刮取或涂抹标本，制成氢氧化钾湿堆，或涂片革兰氏染色来检查。有大量球根状芽殖酵母和假菌丝，这是特征性的发现。对疑似念珠菌性食管炎的患者，不仅要进行内镜刷检，还要进行活检，从组织病理学上进一步寻找念珠菌侵犯黏膜的证据。单纯疱疹病毒或巨细胞病毒引起的食管炎与念珠菌食管炎相似。在同一患者中，由一种以上病原微生物引起的感染者并不少见。疑似念珠菌血症或播散性念珠菌病的患者应采用一种新的高灵敏系统，如裂解离心、双相培养基或自动非辐射仪法(如BACTFEC、Bact/Alert或ESP)进行血念珠菌培养。应连续2天采血，培养2次。近10年来积累的资料表明，念珠菌属的单次血培养阳性应假定有明显的临床念珠菌血症，值得抗真菌治疗。痰液、气管抽吸物、伤口分泌物或尿液培养，如果念珠菌种大量生长，可能增加侵入血流的可能性，但不能证明已经扩散。因为播散性念珠病患者的血培养可达50%阴性，所以诊断必须始终基于活检组织的组织病理学检查和真菌培养的结果。

组织病理学:

1.皮肤粘膜皮肤念珠菌病主要由真皮层慢性炎症或角质层下海绵状脓疱引起，浅层角质层有少数分裂。分枝菌丝直径约2 ~ 4m，卵圆形孢子3 ~ 5m，处于萌发期。慢性粘膜皮肤念珠菌病的表皮呈乳头状增生，角质层和角质栓内有成簇散在的菌丝和孢子。真皮内有慢性炎症细胞浸润。念珠菌肉芽肿表现为明显的乳头状瘤样增生和角化过度，炎性细胞迁移至表皮，致密淋巴细胞、中性粒细胞、浆细胞和多核巨细胞浸润至真皮，并向皮下层渗透。偶尔，在真皮中可以发现菌丝和孢子。

2.系统性念珠菌病真菌分布于实质细胞，呈现多发性脓肿，常见于肝脏、胃肠道和肾脏。显微镜下，它显示急性炎症反应，微脓肿主要是中性粒细胞浸润。HE染色显示苍白的酵母样细菌散在于脓细胞之间。PAS和GMS染色显示薄壁卵圆形孢子，大小3 ~ 6m，有假菌丝。白细胞减少症患者病灶无细胞反应，可伴有出血性凝血坏死。少数病灶有肉芽肿反应，内含真菌孢子和菌丝的多形巨细胞。