严重的沙眼往往会有后遗症和并发症，危害视力。常见的有:

1.眼睑内翻和倒睫:沙眼晚期，由于瘢痕组织收缩，病变可侵犯睑板，变短。此外，眼睑结膜，尤其是眼睑沟因瘢痕而收缩，使睑板像小船一样向内弯曲，形成典型的睑内翻倒睫。倒睫也可单独发生，由病灶侵入毛囊附近的疤痕引起。倒睫长期刺激可使角膜浅层呈弥漫性点状浸润，进而剥离上皮，形成溃疡，称为沙眼性角膜炎或沙眼性角膜溃疡。此时患者出现异物感、怕光、流泪、疼痛、视物模糊等症状。内翻和电解倒睫应及时矫正，以免造成严重伤害。

2.沙眼性角膜溃疡:血管翳末端有灰白色点状浸润。一旦破了，就形成了浅溃疡。这些溃疡可以相互融合形成沟状溃疡。这种由沙眼性血管翳和倒睫引起的溃疡称为沙眼性角膜溃疡。前者以药物治疗为主，后者需手术矫正眼睑内翻。

3.上睑下垂:由于上睑结膜和睑板组织增生肥大，上睑重量增加；同时，该病侵犯缪勒肌和提上睑肌，使提上睑肌功能减弱，导致上睑下垂，沙眼仍是主要治疗方法。

4.沙眼性干眼症:由于结膜表面的瘢痕化，结膜的副泪腺和杯状细胞被完全破坏，穹窿上部的泪腺排泄管开口也被关闭，粘液和泪液完全消失，结膜和角膜变得干燥。严重者结膜角膜弥漫混浊，上皮角质化增厚，酷似皮肤，视力极度下降。此时应点鱼肝油或人工泪液(含甲基纤维素糖)。或者进行泪点闭合以减少眼泪的流出。

5.泪道阻塞和慢性泪囊炎。沙眼衣原体侵入黏膜可引起泪道阻塞或鼻泪管阻塞，进而形成慢性泪囊炎。

6.上睑下垂的穹窿部结膜因瘢痕收缩而缩短，尤其是下方穹窿部，甚至穹窿部完全消失。拉下眼睑时，眼睑与眼球之间有垂直的结膜皱襞，称为上睑下垂。

7.角膜混浊常由角膜翳遗留，角膜混浊严重。其他原因引起的眼睑内翻和角膜溃疡也可引起角膜混浊。如果继发感染引起化脓性角膜溃疡和穿孔，可严重影响视力，甚至失明。