应与冠心病、特发性扩张型心肌病、酒精性心肌病相鉴别。

1.像锥虫病心肌炎一样，冠心病可累及心肌，引起心脏增大、心律失常、心力衰竭等。冠心病多见于45岁以上男性和绝经后女性，老年人更为常见。冠心病往往有很多因素，如高脂血症、高血压、糖尿病、肥胖和不活动、家族史等。然而，锥虫心肌病有在克氏锥虫流行区生活的历史。克氏锥虫血清学试验阳性，查加斯氏心脏病的临床表现常可与该病相鉴别。

2.扩张型心肌病可能有家族史，病程长，进展慢。扩张型心肌病的心脏常明显增大，可有动脉栓塞。病毒分离阴性，血清病毒中和抗体滴度短期内不升高。心电图常出现各种心律失常，有时可见病理性Q波。晚期可能出现心脏增大和心力衰竭的症状。锥虫病心肌炎曾在克氏锥虫流行区生活，克氏锥虫血清学试验阳性，并有典型的临床症状和体征。

3.酒精性心肌病患者有大量饮酒和长期饮酒史(10年以上，每天纯乙醇量125ml)；可出现心脏增大、心律不齐、胸痛、高血压等改变，晚期可出现充血性心力衰竭。虽与本病的某些症状和体征相似，但应与流行史、锥虫病血清学试验阳性和多器官扩张相鉴别。