肛瘘的手术，患者在手术的过程是不痛苦的，因为是在麻醉下进行。但在肛瘘的手术之后，由于麻醉的效果过了，患者会有一定的疼痛，因为肛门是人体神经末梢分布比较多，是比较敏感的一个部位。当然，这种疼痛是一种主观的感觉，每个人对疼痛的反应是不完全一致。

如果疼痛影响到患者的休息和生活的时候，有相应的治疗措施。比如应用止痛的药物，可以减轻病人术后的不适感。

减轻疼痛可以有几种方式：

第一，在手术头三天，可以继续使用麻醉药物，持续泵入麻醉药物，可以减轻术后最痛苦的三天；

第二，在三天以后，患者可以通过口服或者注射止痛药，达到止痛的效果。