囊虫病的病情复杂多变。在临床工作中，常与下列疾病相混淆:

1.其他脑寄生虫病，如脑包虫病、脑血吸虫病、脑阿米巴病、脑弓形虫病等。主要取决于流行病学特征、特异性免疫诊断和典型影像学检查。

2.脑非寄生虫感染性疾病如脑炎、脑脓肿、脑结核等。

3.非感染性脑疾病，如癫痫、脑梗塞、脑血管畸形、结节性硬化症和多发性硬化症等。

4.脑肿瘤和脑转移瘤。