氟康唑氯化钠注射液可用于治疗念珠菌病、口咽和食管念珠菌病、播散性念珠菌病，包括腹膜炎、肺炎、尿路感染和念珠菌性外阴阴道炎。

也可用于骨髓移植患者接受细胞毒药物或放疗时预防念珠菌感染。

也可用于隐球菌病，用于治疗脑膜外新发隐球菌病，用于治疗隐球菌性脑膜炎，可作为两性霉素B联合氟胞嘧啶初始治疗后的维持药物。

也可用于球虫病，还可替代伊曲康唑治疗芽生菌病和组织胞浆菌病，所以疗效还是比较广泛。