两种锥虫病的严重程度和发展是不同的。例如，冈比亚型感染是无症状的，可持续数月甚至数年。在这个阶段，大约一半的人有颈部淋巴结肿大。早期没有下疳。淋巴细胞期症状较轻。脑膜脑炎出现较晚，进展缓慢。罗得西亚型潜伏期为2 ~ 3周。起病急，病情重，多有急性中毒症状，如高热、明显消瘦、迅速衰竭、继发感染或心肌炎等。但是淋巴结病是轻微的。自然，人往往在6 ~ 9个月内死于毒血症。脑膜脑炎早期可发病，进展迅速，但也有典型的睡眠病症状，出现前即死亡。锥虫病根据病程分为三个阶段:

1.刚开始被传染性采采蝇叮咬2 ~ 3天后，局部皮肤红肿，伴有疼痛、压痛，质地坚硬，即锥虫病下疳，直径约3 ~ 10cm，溃疡少见。常有局部淋巴结肿大。“下疳”2 ~ 4周后自行消退。挤出“硬下疳”，有时挤出的水肿液中可发现锥虫。只是在这个阶段，很少有人就医。

2.淋巴血期(锥虫病期，ⅰ期)潜伏期一般为10天至3周，个别病例可长达5年。当锥虫通过淋巴系统进入血液循环时，可出现不规则或间歇性高热，并伴有严重的进行性头痛、乏力、皮肤瘙痒、肌痛和关节痛；和进行性淋巴结病，其可以是局部的或全身的。冈比亚型多见于颈部，尤其是颈部后三角，称为温特伯顿征。罗得西亚型多见于锁骨上、腋窝和腹股沟，其不同部位可能与不同采采蝇的不同叮咬习惯有关。肿大淋巴结直径1 ~ 2 cm，软而嫩，活动，通常多发。

发热期持续一周以上，即间歇性。随着锥虫抗原的变异，出现免疫逃逸，发热有规律地反复出现。这个阶段的蠕虫病很明显。发烧可以是轻微的，尤其是冈比亚型。皮肤颜色较浅的患者可见暂时性皮疹，多发生在胸部、背部和上腹部。一般在发病后6 ~ 8周出现，呈卵圆形、环状、淡红色，数日后消退。随着病情的进展，发热逐渐减少，晚期极为少见。在此期间，不同的器官可能会受到损害，如致命性心肌炎，尤其是罗得西亚型。中度脾肿大约占25% ~ 50%，肝脏可肿大，血清AST、ALT升高。病人容易继发支气管肺炎。还可能出现虹膜睫状体炎、视神经萎缩、周期性腹泻、大便带粘液和血。也可能出现贫血、外周水肿、腹水、心包积液和肺水肿。此外，男性可有阳痿，育龄女性可有闭经或流产。

3.脑膜脑炎(睡眠期、晚期、II期)以中枢神经系统症状为特征，即属于晚期。此时患者体重明显下降，很快无法承担正常工作，头痛持续，反应迟钝，嗜睡，进行性恶化，除夜间失眠外。临床上引起脑膜脑炎。罗得西亚型发病后2 ~ 6周，进展迅速。冈比亚型发生在病后几个月到几年。锥虫首先侵入脑干和间脑，然后侵入皮层。症状为人格改变，对周围事物漠不关心，面无表情，动作缓慢，言语吞吐，迟钝性超敏反应(轻轻捏患者深部肌肉，需要一段时间才能感觉到疼痛，疼痛程度较正常重，即克兰德尔征)，嘴唇颤抖，肌肉震颤，步态不稳，妄想，狂躁，明显精神病症状，癫痫样抽搐。舞蹈病样运动和共济失调在儿童中很常见。随着病情的进展，出现肌强直和嗜睡，继而出现嗜睡和昏迷，并伴有全身瘙痒。此阶段脑脊液检查显示白细胞计数升高，通常> 100×106/L，最后多死于高度营养不良、继发肺部感染、癫痫持续状态或心力衰竭。

来自非洲疫区的人，发现锥虫病下疳、不规则发热、剧烈头痛、嗜睡、嗜睡、淋巴结肿大、心动过速，都有助于诊断。诊断取决于病原体的发现。