临床上，肠镜主要用于疾病的诊断。

对于原因不明的消化道疾病，建议使用肠镜检查。比如消化道出血，慢性腹泻，腹部包块，不明原因的腹痛，都需要肠镜来明确病因。

另外，对于有慢性肠道炎症，或者疑似肠道肿瘤、肠梗阻的患者，只要不能通过临床综合征和其他相关检查确诊，就需要通过肠镜确诊。

做肠镜也有禁忌症，如肠管狭窄、肠穿孔、腹膜刺激等患者。，个别老年患者和特殊人群需要医生检查后决定是否使用。