当你醒来时，你的左肩会因为以下原因而疼痛:

1.睡姿:长时间左侧卧导致血液循环受阻，造成皮下软组织损伤，引起疼痛。

2.炎症刺激:如肩周炎、滑膜炎、筋膜炎等。睡觉时开空调或开窗。吹风受凉会使肌肉和软组织长期受到刺激，诱发炎症反应，引起疼痛。

3.肩袖损伤:肩袖损伤是由外力或退行性疾病引起，由于睡姿不正确，睡觉时可诱发疼痛症状。

4.神经痛:如颈部肿瘤、肝脏肿瘤等。，肿瘤压迫神经根，引起刺激和疼痛，并向肩部放射，引起放射性疼痛。