三种丝虫病的鉴别除了流行区的生活史和临床表现外，主要依靠病原体形态学和免疫学方法。丝虫病急性期的淋巴管炎和淋巴结炎应与细菌性淋巴管炎相鉴别。细菌淋巴管自下而上发育至局部淋巴结。一般可发现局部病变，中毒症状较重。局部疼痛和压痛也明显，血中性粒细胞明显增多。

精睾丸炎和附睾炎应与附睾结核相鉴别。肺结核的病史可以借鉴。附睾结核呈结节状肿胀，质硬触痛。必要时可以做活检。

或腹股沟和股淋巴结肿大应与疝相鉴别。可根据淋巴静脉曲张，叩诊无空音，肠鸣音无高痰，大小随体位变化不大，咳嗽无冲动，穿刺时获得淋巴液，淋巴液中发现微丝蚴等来鉴别。

精索静脉曲张和精索静脉曲张不容易区分。后者具有较厚的壁和清晰的管状。如有必要，有必要从管中抽取流体进行识别。

乳糜尿虽多见于丝虫病，但应与结核、肿瘤、胸导管受压或损伤等相鉴别。

皮肤病也可见于反复细菌性淋巴管炎后，或因局部损伤、肿瘤压迫导致淋巴回流受阻，也可由手术切除淋巴组织后引起。这时候就要根据病史来鉴别了。此外，还需要与先天性或家族性象皮肿相鉴别。在浙江非丝虫病流行区，发现一个家族四代共14人患有遗传性象皮肿。