运动后第二天，肌肉酸痛可以通过以下方法治疗:

首先，要有适当的休息，使患肢处于放松状态。

其次，可采用局部热敷、红外线照射、电磁波、超声波等物理方法进行治疗，缓解局部酸痛不适。

第三，可以用针灸治疗。

第四，如果酸痛不适明显，可使用非甾体类消炎止痛药物和活血通络、舒筋止痛的中成药进行治疗。

运动后第二天的肌肉酸痛，是由于局部肌肉乳酸堆积或大量运动后肌纤维的微损伤所致。